Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6757 Tahun 2020 tentang Penetapan Madrasah Penyelenggara Riset Tahun 2020, MAN 2 Wonosobo ditetapkan sebagai salah satu madrasah Riset di Jawa Tengah. Kegiatan pembelajaran riset di MAN 2 Wonosobo merupakan wadah pembinaan bakat dan minat peserta didik dalam bidang penelitian ilmiah. Pembinaan riset di madrasah ditujukan untuk melatih peserta didik dalam merencanakan penelitian ilmiah, melakukan penelitian ilmiah dan menyusun laporan penelitian ilmiah. Pembelajaran riset di madrasah dapat dilakukan dalam bentuk kegiatan intrakurikuler berupa muatan lokal (mulok) dan/atau ekstrakurikuler berupa Kelompok Ilmiah Remaja (KIR) dan Robotik.

1. Tujuan Kegiatan pembelajaran riset dan di MAN 2 Wonosobo bertujuan secara umum bertujuan untuk mengembangkan sikap ilmiah peserta didik sehingga mampu bersikap dan bertindak berdasarkan proses ilmiah yang tercermin dalam sifat- sifat berpikir kritis, sistematis, rasional, realistis, objektif, jujur, berani, terbuka, toleran, kreatif, dan inovatif, serta menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi. Secara khusus tujuan pembelajaran riset dan olimpiade adalah
   • Menumbuhkan budaya riset di lingkungan MAN 2 Wonosobo.
   • Mendorong tumbuhnya budaya akademik di lingkungan madrasah.
   • Meningkatkan pengetahuan tentang prosedur penelitian ilmiah.
   • Meningkatkan kepekaan peserta didik terhadap masalah-masalah yang ada di lingkungan sekitar.
   • Meningkatkan peran serta peserta didik dalam upaya memecahkan masalah-masalah yang ada di lingkungan sekitar.
   • Meningkatkan pengalaman peserta didik dalam melakukan penelitian dari berbagai persoalan yang ada di lingkungan sekitar
   • Menyediakan wahana bagi siswa madrasah untuk mengembangkan bakat dan minat di bidang sains.
   • Memotivasi siswa madrasah agar selalu meningkatkan kemampuan intelektual, emosional, dan spiritual berdasarkan nilai-nilai agama
   • Menumbuhkembangkan budaya kompetitif yang sehat di kalangan siswa madrasah
   • Memberikan kesempatan menjadi duta Indonesia yang dapat membanggakan bangsa dan negara.
2. Hasil yang Diharapkan
   • Membangun sikap ilmiah peserta didik, pendidik dan tenaga kependidikan.
   • Memberikan pengetahuan tentang prosedur penelitian ilmiah.
   • Melatih kepekaan peserta didik terhadap masalah-masalah yang ada di lingkungan sekitar.
   • Memberikan pengalaman peserta didik dalam melakukan penelitian dari berbagai persoalan yang ada di lingkungan sekitar dalam upaya memecahkan masalah-masalah yang ada di lingkungan sekitar.
   • Berkembangnya bakat dan minat di bidang sains sehingga peserta didik dapat berkreasi dan mencintai sains.
   • Siswa MAN 2 Wonosobo memiliki motivasi untuk selalu meningkatkan kemampuan intelektual, emosional, dan spiritual berdasarkan nilai-nilai agama sehingga menjadi yang terbaik di bidangnya.
   • Berkembangnya budaya kompetitif yang sehat di kalangan peserta didik MAN 2 Wonosobo.
   • Terjaring bibit unggul dan berprestasi sebagai calon peserta ajang kompetisi tingkat internasional.
   • Menghasilkan siswa-siswi terbaik disetiap bidang dan menjadi SDM yang mencintai bidang keilmuannya.
3. Bentuk Pembelajaran Riset
   • Pembelajaran riset diberikan dalam bentuk intrakurikuler yaitu mata pelajaran muatan lokal (mulok), yang diperuntukkan bagi seluruh peserta didik pada madrasah.Alokasi waktu pembelajaran 1 jam.
   • Pembelajaran riset diberikan dalam bentuk kegiatan ekstrakurikuler KIR (Kelompok Ilmiah Remaja), yang diperuntukkan bagi peserta didik yang memiliki bakat dan minat dalam penelitian ilmiah. Alokasi waktu pembelajaran 1- 2 jam.
   • Pengembangan kegiatan riset di madrasah diluar mulok riset dan ekstrakurikuler KIR, dapat dilaksanakan dalam bentuk pembimbingan persiapan kompetisi riset, seminar karya riset, pameran hasil riset, wisata ilmiah dan sebagainya.
4. Fasilitas
   Untuk mendukung kegiatan Riset MAN 2 Wonosobo didukung dengan Laboratorium IPA, Keagamaan dan Laboratorium Robotik serta Perpustakaan Sekolah terbaik Nasional.Untuk pembimbingan Riset MAN 2 Wonosobo menjalin kerjasama dengan UGM dan UIN surakarta serta Eduriset Yogyakarta.

Hasil yang Diperoleh
Sebagai madrasah riset MAN 2 Wonosobo mengikuti dan memperoleh beberapa kejuaraan di bidang riset baik di tk kabupaten, propinsi maupun internasional seperti Krenova, MYRESS dan MRC.